Informační systém EpiGIS, který vyvinuli vědci z Technické univerzity v Liberci ve spolupráci s krajskou hygienickou stanicí, mohou epidemiologové nasadit při šetření epidemie koronaviru, použitelný bude také v budoucnu pro monitorování jiných epidemií. Liberečtí epidemiologové už systém zavádějí, další krajské hygienické stanice o něj projevily zájem.
„Nový program z liberecké univerzity nám dovoluje evidovat všechny informace potřebné pro epidemiologické šetření jakékoliv epidemie. A to jsou informace o osobě, místě a času. Přesná práce s touto trojicí informací nám umožňuje mnohem lépe a rychleji identifikovat ohnisko nákazy, což je pro nás hygieniky zásadní,“ říká Vladimír Valenta, ředitel Krajské hygienické stanice Libereckého kraje se sídlem v Liberci (KHS v Liberci), který byl do roku 2016 hlavním hygienikem ČR a v současné době také působí na naší fakultě zdravotnických studií.
Program EpiGIS vyvíjí multioborový tým geoinformatika Jiřího Šmídy z katedry aplikované matematiky Fakulty přírodovědně-humanitní a pedagogické TUL (FP), spolupracují na něm také odborníci z naší fakulty mechatroniky, informatiky a mezioborových studií, externí programátoři z firmy Coffee Workers a epidemiologové z Krajské hygienické stanice Libereckého kraje. Program vyvíjejí od roku 2019 v projektu aplikovaného výzkumu podpořeného grantem z programu ETA Technologické agentury ČR. Měl sloužit epidemiologům přesně pro podobná šetření a analýzy v případě epidemií, ovšem koronavirus jeho vývoj usměrnil a zásadně urychlil.
„Hned s prvními náznaky vládních opatření proti COVID-19 na začátku března nám došlo, že to, na čem jsme shodou okolností pracovali, potřebují epidemiologové pro zvládnutí práce v čase této pandemie. Museli jsme jednat rychle. V řádech dnů jsme pozměnili priority a harmonogram výzkumného záměru a vše směřovali k tomu, abychom mohli epidemiologům nabídnout funkční nástroj, který je nezaměstná na dlouhé týdny při zaškolování, ale který jim okamžitě pomůže v jejich práci,“ říká vedoucí vývojového týmu Jiří Šmída s tím, že například testovací fázi bylo potřeba seškrtat do několika dnů a celý systém dále ladit za pochodu.
„Výstupní data jsou ale spolehlivá, za těmi si stojíme,“ dodává Šmída.
Výzkumný tým nyní pracuje na vytvoření standardů pro zadávání dat při epidemiologickém šetření, tak jejich vyhodnocování. Zásadním tématem je také získávání různých úrovní výstupů – pro epidemiology, hygieniky a jiné odborníky například z ministerstev až po starosty obcí, média a širokou veřejnost.
„Máme jedinečnou možnost přispět k pochopení závažnosti aktuální situace a jejího budoucího vývoje analýzami dat,“ říká hlavní programátor projektu EpiGIS Vratislav Žabka z ústavu mechatroniky a technické informatiky Fakulty mechatroniky, informatiky a mezioborových studií TUL.
Klíčovým stavebním kamenem nového systému jsou geografické informační systémy. Ke každé geografické analýze je tak možné vygenerovat grafy a mapové podklady.
„Dříve, než bude práce na systému EpiGIS dokončena, čeká nás ještě mnohaměsíční vývoj všech jeho částí, které dají epidemiologům a hygienikům do rukou nástroj pro moderní práci za jakékoliv epidemie, nejen té aktuální a nejvíce viditelné. Epidemiologové musí řešit desítky dalších epidemií, které v průběhu roku přichází. A potřebují data o osobách, místě a čase rychle a přesně sbírat, prohlížet v mapách a analyzovat. A také komunikovat s veřejností: se starosty obcí, novináři, občany. Na to vše se náš projekt soustředí. Další velkou výhodou oproti jiným v současné době používaným systémům, kterou náš systém do práce epidemiologů přináší, je to, že můžeme evidovat a následně tedy analyzovat také negativně testované osoby,“ doplňuje Jiří Šmída.
Tzv. chytrá karanténa, postupně spouštěná ministerstvem zdravotnictví, bude startovat začátkem května, liberečtí hygienici se proto rozhodli využít již v březnu funkční systém z Technické univerzity v Liberci. Spolu s našimi odborníky o něm Vladimír Valenta referoval v online konferenci také ostatním krajským hygienickým stanicím.
S libereckými krajskými epidemiology spolupracují geoinformatici z FP TUL již několik let na úrovni konzultací dílčích odborných studií, ale i studentských prací, společné výuky a pořádání vědeckých konferencí (naposledy konference HealthGIS Liberec 2019). Věděli tedy, na co se při vývoji nového systému soustředit.
„Výhodou informačního systému EpiGIS je analytická práce s daty u všech případů v souvislosti s COVID-19 registrovaných v Libereckém kraji od začátku vypuknutí epidemie. A to jak těch testovaných s pozitivním, ale i negativním výsledkem, tak také těch ostatních, u kterých byla po návratu z ciziny nařízena povinná domácí karanténa,“ říká Jana Prattingerová, ředitelka odboru protiepidemického KHS v Liberci.
Systém EpiGIS vyvinutý ve spolupráci TUL a KHS je podle epidemiologů vedle tzv. chytré karantény budoucností hygienické služby.
Radek Pirkl
Další články v rubrice
Dostane se i pod povrch. Nový elektronový mikroskop pomocí přesných lokálních řezů otvírá 3D pohled na zkoumaný vzorek
Mikroskop za více jak 45 milionů korun dokáže zobrazit zkoumaný předmět v nanometrovém rozlišení a současně umožňuje podívat se i pod povrch zkoumaného vzorku. To lze velmi dobře využít například pro komplexní analýzu kvality materiálu a...
Profesor Lukáš o důležitosti sdílení vědeckých dat
Profesor David Lukáš, uznávaný expert na fyzikální principy tvorby polymerních nanovláken, zdůrazňuje význam otevřeného sdílení dat pro rozvoj vědeckých teorií. Dát k dispozici nasbíraná vědecká data a umožnit jejich dlouhodobou dohledatelnost je...
Cena Wernera von Siemense míří opět na TUL
Zcela unikátní metodu měření dynamiky fotoluminiscence vymyslel a ve své dizertační práci popsal doktorand Fakulty mechatroniky, informatiky a mezioborových studií TUL Jiří Junek. Metoda se využije například při analýze defektů v solárních...
